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微生物農藥具有對人畜安全，不破壞生態平衡，害蟲不易產生抗性等優點，但也存在著藥效速度慢，專一性強，受自然條件影響大的缺點。而利用基因工程改造微生物菌種，創造出自然界不存在的新型菌種就可以克服這些缺點。20世紀70年代末國外就把蘇云金桿菌伴孢晶體毒素蛋白基因（BtICP基因）轉移到大腸桿菌和枯草桿菌中，通過發酵工程進行工業化大量生產，降低了成本，提高了產量。目前已轉到假單胞桿菌中，由于該菌對環境適應性強，土壤中廣泛存在，可望成為更優良的細菌殺蟲劑。我國對雜合毒素基因的廣譜蘇云金桿菌Bt新毒株的研究也在進行之中。